ツールチップの表示にはCToolTipCtrlクラスを利用することで実現できます。
下記のサンプルは、マウスを動かしてから一定時間動きを止めると、
ツールチップが表示されるものです。

サンプルの説明を以下に示します。
まず、ツールチップを作成します。作成はOnInitialUpdate関数で行い、
表示する文字列を”つーるちっぷ”と設定します。
次に、ツールチップを表示するためにマウス移動時の処理を実装します。
移動処理はOnMouseMove関数で行い、ツールチップにマウス情報を
渡してツールチップの表示を実現しています。

class CMyView : public CView
{
    ．
    ．
public:
    CToolTipCtrl    m_ttip;    	// ツールチップコントロール
    ．
    ．
}

void CMyView::OnInitialUpdate()
{
    if (m_ttip.Create(this))
    {
        m_ttip.AddTool(this, "つーるちっぷ");
    }
}

void CMyView::OnMouseMove(UINT nFlags, CPoint point)
{
    MSG msg;

    if (m_ttip.GetSafeHwnd())
    {
        msg.hwnd    = GetSafeHwnd();
        msg.message = WM_MOUSEMOVE;
        msg.wParam  = nFlags;
        msg.lParam  = MAKELPARAM(LOWORD(point.x), LOWORD(point.y));
        msg.time    = 0;
        msg.pt.x    = point.x;
        msg.pt.y    = point.y;

        m_ttip.RelayEvent(&msg);
    }
}